setau saya sih itu ngaturnya dari pas waktu client order pas payment method..
kalo di invoice, defaultnya ngikutin dari order..kecuali client merubah metode pembayaran yang di inginkan..
jadi misalnya client pilih bank A di waktu order, otomatis di invoice muncul metode bank A..nantinya sih ada dropdown begitu ya..
setau saya sih, kalo metode pembayarannya cuma 1, ya itu aja jadi default..tapi kalo metode pembayaran lebih dari 1, otomatis di invoice yang di web whmcsnya itu muncul dropdown
contoh tampilan:
http://prntscr.com/awchro
cmiiw